Управлението на Eпархията се осъществява от Негово Високопреосвещенство Варненския и Великопреславски митрополит Йоан. Като апостолски приемник той има духовна, църковна и административна власт в Eпархията, както и цялата пълнота на йерархическата власт в делата на вярата и нравствеността, свещенодействието и пастирската грижа.
Епархийският съвет съдейства на епархийския митрополит в осъществяване на архиерейската му изпълнителна власт. Членовете на Епархийския съвет се избират за период от четири години.
Варненска и Великопреславска епархия се състои от пет духовни околии:
Всяка духовна околия, с изключение на Варненска, има архиерейско наместничество. То се ръководи от назначен от митрополита архиерейски наместник, който има определени правомощия в съответната духовна околия.
